Die Zucchini waschen, längs halbieren und das Kerngehäuse mit einem Löffel entfernen. Die Kerne aber nicht wegschmeißen, diese werden für die Soße noch verwendet. Die ausgehöhlten Zucchini in eine Auflaufform geben, leicht pfeffern und mit etwas Zitronensaft beträufeln.
Die Zwiebel schälen und in ganz feine Würfel schneiden. Die Fleischwurst ebenfalls in kleine Würfel schneiden. In einem Topf etwas Öl erhitzen und die Zwiebelwürfel zusammen mit der Fleischwurst andünsten. Die den Speck hinzugeben und etwas auslassen. Den Topf vom Herd nehmen und den Schmelzkäse unterrühren. Die Masse bitte nicht würzen, da durch die Zutaten bereits genug Salz vorhanden ist. Die Zucchini mit der Fleischwurst-Käse-Masse füllen.
Für die Soße nochmals etwas Öl in einem Topf erhitzen und die in kleine Stücke geschnittene Kerngehäuse hineingeben. Bei starker Hitze anbraten / köcheln lassen bis das Wasser fast verdampft ist. Nun die passierten Tomaten hinzugeben, mit Salz, Pfeffer und Thymian abschmecken. Wer es gerne etwas schärfer mag kann getrocknete Chili dazugeben.
Die Soße um die Zucchini verteilen. Die Auflaufform in den vorgeheizten Backofen bei 200°C schieben. Die Zucchini 30-45 Minuten garen. Sie sind fertig, wenn das Gemüse weich und die Füllung schön braun ist.